a. Gejala 

• Tanaman cengkeh layu mendadak, mengering dan daunnya berguguran, akar menjadi lunak dan berair, sehingga tanaman cengkeh mati dan tumbang.
• Daun berwarna hijau kusam, kuning pucat dan menjadi lebih tebal dari yang normal, tampak layu dan mudah gugur, adakalanya berbunga dan berbuah lebih awal;
• Kematian daun dan ranting dimulai dari ujung ranting di bawah puncak pohon kemudian menjalar sampai ke arah batang. Kematian tanaman akan lebih cepat terjadi apabila juga terserang rayap atau penggerek batang;
• Jika pangkal batang dibongkar terlihat akarnya membusuk. Pada permukaan akar terdapat benang-benang miselium jamur (rhizomorf) berwarna putih menjalar sepanjang akar dan melekat erat pada permukaan akar;
• Akar yang terinfeksi berat menjadi lunak dan berair sehingga tanaman mudah tumbang;
• Pada gejala lanjut, akan terbentuk badan buah pada pangkal batang tanaman;
• Pada ranting, cabang atau batang yang terserang jamur akar hitam, bila dikelupas kulitnya maka terlihat lapisan kambium berwama coklat kehitaman;
• Bila batang atau cabang yang sakit dipotong melintang maka akan kelihatan kambium berubah warna menjadi coklat kehitaman. Gejala ini akan terlihat saat tanaman sudah mulai mengering dan hampir mati.

b. Pengendalian

• Membersihkan sisa-sisa tanaman (tunggul yang mati) dan tumbang (terserang berat) sampai ke akar- akarnya dan dilakukan pemusnahan;
• Lubang bekas tunggul ditaburi belerang dan dibiarkan 3-4 bulan;
• Tidak membawa bibit cengkeh dari kebun terserang Penyakit JAP dan tidak menanam cengkeh di kebun bekas serangan Penyakit JAP;
• Pemupukan tanaman dengan pupuk organik (pupuk kandang, kompos, atau pupuk hijau) dan anorganik;
• Pembuatan parit isolasi untuk menghindari kontak antara akar tanaman sakit dengan yang sehat;
• Penanaman tanaman antagonis (lidah mertua, lengkuas, kencur, dan lempuyang) di sekeliling tanaman cengkeh;
• Pemberian Trichoderma sp. di sekitar daerah leher akar. Trichoderma sp. yang sudah ditumbuhkan dalam media biakan (100-250 g/pohon) dicampur dengan kompos/dedak 1-2 kg/pohon). Apabila pH tanah ≥ 5, maka pemberian Trichoderma sp. didahului dengan pemberian belerang dengan dosis untuk tanaman belum menghasilkan (TBM) 100-150 g Trichoderma sp., + 50 g belerang dan tanaman menghasilkan (TM) 200-250 g Trichoderma sp. + 100 g belerang.